Die Einfuhrumsatzsteuer wird steuerlich wie eine bezahlte Vorsteuer behandelt. D.h. Sie dürfen den bezahlten Einfuhrumsatzsteuerbetrag von Ihrer Umsatzsteuerschuld dem Finanzamt gegenüber abziehen. Dies passiert über die Ausweisung in der Umsatzsteuervoranmeldung bzw. Umsatzsteuermeldung am Jahresende in einer eigen dafür vorgesehenen Zeile „Abziehbare Vorsteuerbeträge
Entstandene Einfuhrumsatzsteuer (§ 15 Abs. 1 Satz 1 Nr. 2 UStG)“.
Natürlich gibt es für die Einfuhrumsatzsteuer auch Untergrenzen. D.h. bleiben Sie unter einem gewissen Warenwert, müssen Sie keine Einfuhrumsatzsteuer bezahlen. Hier bekommen Sie dann vom Zoll auch keine Zahlungsaufforderung und müssen buchhalterisch und steuerlich nichts beachten.
Ein Beispiel: Ihr Unternehmen kauf Waren in der Schweiz ein. Dafür bekommen Sie einen Zollbescheid über 1000 € Einfuhrumsatzsteuer ausgestellt. Zusätzlich zu Ihrer normalen Wareneinkaufsbuchung verbuchen Sie die Einfuhrumsatzsteuer wie folgt in Kontolino!:
| Kontenrahmen | IKR | SKR03 | SKR04 |
| Einfuhrumsatzsteuer (Sollseite) | 2628 Bezahlte Einfuhrumsatzsteuer | 1588 Bezahlte Einfuhrumsatzsteuer | 1433 Bezahlte Einfuhrumsatzsteuer |
| Bank (Habenseite) | 2801 Bank 1 | 1200 Bank 1 | 1810 Bank 1 |
| zu keinem Umsatzsteuersatz |